Na de revolutie van 1830 werd in 1833 het Grootoosten van België gesticht onder de auspiciën van Leopold I van Saksen Coburg-Gotha en werd erkend door Londen als regulier.

1837 betekent de ommezwaai voor het GOB: Kardinaal Engelbert Sterckx schrijft in een brief aan de katholieken dat in navolging van de Encycliek Mirari Vos uit 1832, het lidmaatschap van een loge onverenigbaar is met het katholicisme. Van dan af worden de loges de facto een vergaderplaaats van antiklerikalen aangezien de meeste katholieken de loges verlaten hadden na dit herderlijk schrijven. Het zijn dus de aantijgingen van de encycliek die de Vrijmetselarij in België in een bepaalde richting hebben geduwd. Het antiklerikalisme is er gekomen omdat er klerikalisme was.

De eerste Grootmeester was Theodore Verhaegen die in 1834 de aanzet gaf tot de stichting van de ULB naar een idee van Auguste Baron. (oorspronkelijk Université libre de Belgique, later de Bruxelles)

De Belgische loges werden dan ook de verzamelplaats van leden van de Liberale Partij (1846) als tegenpool voor de katholieke Partij. 

In dezelfde periode (1893)werd in Frankrijk de Ordre Maçonnique Mixte International Le Droit Humain gesticht door Georges Martin en Maria Deraismes. Deze obediëntie wijdde ook vrouwen in. In België werd de eerste loge van de Droit Humain opgericht in 1912 en in 1928 telde men reeds 8 loges zodat een Federatie kon opgericht worden.

Tijdens de tweede Wereldoorlog werd verwoed jacht gemaakt op maçons. Kranten publiceerden lijsten met namen van vermoedelijke maçons, die dan ook gedeporteerd werden naar de concentratiekampen, waar zij omkwamen. In het concentratiekamp van Esterwegen, in de deelstaat Nedersaksen, stichtten 7 BB een loge, genaamd Liberté Chérie. Terwijl zij in rituele zitting bijeen waren en de katholieken de mis bijwoonden, werd de wacht gehouden door atheïstische medegevangenen.